Цифровой микроскоп отличается от светового микроскопа тем, что в цифровом микроскопе используется фото- или видеокамера, которая присоединена к микроскопу, и персональный компьютер с установленным на нём специальным программным обеспечением. 

Основные отличия цифрового микроскопа:
1. Возможность получения многократно увеличенного изображения исследуемого объекта или процесса.
2. Возможность передачи результатов исследований на расстоянии в реальном времени.
3. Возможность проведения анализа объектов наблюдения на экране монитора компьютера.
4. Возможность сохранения результатов исследования на цифровые носители информации.
5. Возможность редактирования сохранённой информации при помощи специального программного обеспечения.

Использование цифрового микроскопа позволяет делать и сохранять изображения для последующего использования, а также демонстрировать их на экране компьютера или проекторе, что делает его удобным для обучения и исследований.