С точки зрения современной науки более правильным является название «цианобактерии». Это связано с тем, что цианобактерии являются прокариотами, то есть одноклеточными организмами, не имеющими ядра, и относятся к царству бактерий. В отличие от них, водоросли являются эукариотами, то есть имеют клеточное ядро и относятся к царству растений.

Таким образом, термин «сине-зелёные водоросли» вводит в заблуждение, так как не отражает истинной биологической классификации цианобактерий. Они выполняют фотосинтез и могут выглядеть как водоросли, но их клеточная структура и генетическая организация существенно отличаются от водорослей.