Кукушкин лён — это многолетнее растение с характерным строением. Его стебельки стройные и коричневатые, покрытые маленькими тёмно-зелеными листиками, что придаёт им вид миниатюрных растений льна. У кукушкина льна есть мужские и женские растения. На женских растениях развиваются коробочки на длинных ножках, которые покрыты волосистыми заострёнными колпачками, напоминающими сидящую кукушку, что и дало название этому мху.