Жгутиконосцы размножаются в основном бесполым путём, делясь на две дочерние клетки после удвоения ядра и органелл. Некоторые виды могут также размножаться половым путём. Инфузории-туфельки также размножаются бесполым делением, при этом происходит деление как большого, так и малого ядра, что приводит к образованию двух новых организмов. Половой процесс у инфузорий не увеличивает численность, а служит для обмена наследственным материалом.