Простейшие-паразиты могут быть использованы в хозяйственной деятельности человека в различных областях. Например, некоторые из них могут служить биоиндикаторами экологического состояния водоемов, помогая контролировать качество воды. Также, изучение паразитов может привести к разработке новых методов борьбы с вредителями в сельском хозяйстве, а их использование в медицине может помочь в разработке вакцин и лекарств.